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/ Languguage OS 2 / Languguage OS II Version 10-94 (Knowledge Media)(1994).ISO / language / asa / changes < prev    next >
Text File  |  1994-10-23  |  34KB  |  1,131 lines
  1. $Id: CHANGES,v 4.2 1994/10/23 23:35:04 ingber Exp ingber $
  2.  
  3. ========================================================================
  4. ========================================================================
  5. 23 Oct 94
  6.  
  7. asa.c, asa.h, asa_user.h, readme.ms, user.c:
  8. Corrected ASA_PARALLEL code by adding OPTIONS->gener_block.
  9. Permit OPTIONS->gener_block_max to be greater than number of
  10. processors.
  11.  
  12. asa.c, readme.ms:
  13. If and when OPTIONS->gener_mov_avr is set to 0, then
  14. OPTIONS->gener_block is not changed thereafter.
  15.  
  16. ========================================================================
  17. 22 Oct 94
  18.  
  19. asa.c, asa.h, asa_user.h, readme.ms, user.c:
  20. Introduced sample code as a structure for a parallelized ASA.
  21.  
  22. ========================================================================
  23. 20 Oct 94
  24.  
  25. user.c:
  26. In the ASA_TEMPLATE for ASA_SAMPLE, USER_TANGENTS is set to TRUE to
  27. illustrate the use of this OPTIONS.
  28.  
  29. ========================================================================
  30. 19 Oct 94
  31.  
  32. asa.c, asa_user.h, readme.ms, user.c:
  33. Added OPTIONS->USER_TANGENTS[FALSE] to permit user to calculate
  34. tangents[] when USER_TANGENTS is set to TRUE, instead of using the
  35. default numerical evaluation.
  36.  
  37. asa.c:
  38. The value of number_invalid_generated_states is now kept track of
  39. during the calculation of derivatives.
  40.  
  41. ========================================================================
  42. 13 Oct 94
  43.  
  44. asa.c, asa.h:
  45. Created asa_print_options() to move printing of user's options to a
  46. separate procedure, making it easier to read asa.c.
  47.  
  48. ========================================================================
  49. 11 Oct 94
  50.  
  51. user.c:
  52. Changed cast on kranf in randflt() to unsigned to permit use of
  53. arbitrary values, e.g., that might arise from using task id's.
  54.  
  55. asa.c, asa.h:
  56. For the sake of some efficiency, MIN_EXPONENT and MAX_EXPONENT,
  57. arguments to the macro EXPONENT_CHECK(), were changed to static
  58. variables.
  59.  
  60. asa.c:
  61. A bug was corrected in one of the loops testing both
  62. SEQUENTIAL_PARAMETERS and PARAMETER_RANGE_TOO_SMALL(), that could cause
  63. a never-ending loop.
  64.  
  65. ========================================================================
  66. 5 Oct 94
  67.  
  68. NOTES, readme.ms:
  69. Added emphasis in @@OPTIONS FOR LARGE SPACES section that these
  70. suggestions are to _speed up_ annealing/quenching, while some
  71. suggestions in the README are to _slow down_ annealing.
  72.  
  73. ========================================================================
  74. 3 Oct 94
  75.  
  76. Makefile, NOTES, readme.ms:
  77. Used a more standard format for FLAGS, replacing CFLAGS with
  78. CDEBUGFLAGS, CFLAGS and LDFLAGS.
  79.  
  80. ========================================================================
  81. 30 Sep 94
  82.  
  83. NOTES:
  84. Added simple routine to enable users to change random seed.
  85.  
  86. asa.c, asa.h, asa_user.h, readme.ms:
  87. Completed ANSI prototypes for parameter calls to
  88. *user_random_generator(...) and *user_cost_function(...), to enable
  89. code to compile smoothly under C++.
  90.  
  91. ========================================================================
  92. 30 Aug 94
  93.  
  94. readme.ms:
  95. Added availability of code and papers via WWW
  96. http://alumni.caltech.edu/~ingber/
  97.  
  98. ========================================================================
  99. 19 Aug 94
  100.  
  101. readme.ms, user.c:
  102. Added MY_COST guides for quick reference to insert user's own cost
  103. function.
  104.  
  105. ========================================================================
  106. 28 Jun 94
  107.  
  108. readme.ms:
  109. Added acknowledgment of award from the Pittsburgh Supercomputing
  110. Center through the National Science Foundation (NSF).  Added
  111. information for requesting commercial consulting appointments.
  112.  
  113. ========================================================================
  114. 9 Jun 94
  115.  
  116. readme.ms:
  117. Announced Parallelizing ASA and PATHINT Project (PAPP).
  118.  
  119. ========================================================================
  120. 6 Jun 94
  121.  
  122. user.c:
  123. Deleted free statements for USER_OPTIONS->cost_schedule,
  124. USER_OPTIONS->reanneal_function, RECUR_USER_OPTIONS->cost_schedule,
  125. RECUR_USER_OPTIONS->reanneal_function which causes crashes on some
  126. machines when USER_COST_SCHEDULE and USER_REANNEAL_FUNCTION are used.
  127.  
  128. user.c:
  129. Fixed memory leak when ASA_SAMPLE=TRUE.
  130.  
  131. ========================================================================
  132. 4 Jun 94
  133.  
  134. NOTES:
  135. Removed contributed code that had Copyright other than the GPL.
  136.  
  137. user.c:
  138. Slowed down USER_COST_SCHEDULE in sample() when ASA_SAMPLE and
  139. ASA_TEMPLATE are TRUE (template in Makefile) to permit better sampling
  140. at all four local optima of the test function.
  141.  
  142. ========================================================================
  143. 27 May 94
  144.  
  145. Makefile, asa.c, asa_user.h, readme.ms, user.c, user.h:
  146. When ASA_SAMPLE is set to TRUE, data is collected by ASA during its
  147. global optimization process to importance-sample the user's variable
  148. Five OPTIONS become available to monitor the sampling: n_accepted,
  149. bias_acceptance, bias_generated, average_weights, and limit_weights.
  150.  
  151. ========================================================================
  152. 4 May 94
  153.  
  154. NOTES:
  155. Included more info on using time modules on PCs.
  156.  
  157. ========================================================================
  158. 27 Apr 94
  159.  
  160. user.c:
  161. Corrected test of argc to be argc > 1.  This caused problems on some
  162. machines.
  163.  
  164. readme.ms:
  165. Added information about asa_new.
  166.  
  167. ========================================================================
  168. 19 Apr 94
  169.  
  170. readme.ms:
  171. Corrected typo in defining range of RNG for acceptance criteria.
  172.  
  173. ========================================================================
  174. 18 Apr 94
  175.  
  176. readme.ms:
  177. Formatted Table of Contents to include section numbers.
  178.  
  179. ========================================================================
  180. 17 Apr 94
  181.  
  182. asa.c, readme.ms, user.c:
  183. Permit curvature calculations whenever tangents are calculated if
  184. OPTIONS->CURVATURE_0 is set to -1.
  185.  
  186. ========================================================================
  187. 16 Apr 94
  188.  
  189. readme.ms:
  190. Reformatted page numbering of Table of Contents.
  191.  
  192. ========================================================================
  193. 15 Apr 94
  194.  
  195. Makefile, readme.ms:
  196. Include README+.uu instead of README+Z.uu in ASA-shar.
  197.  
  198. asa.h, asa_user.h:
  199. Moved some TIME_CALC items from asa_user.h to asa.h.
  200.  
  201. ========================================================================
  202. 13 Apr 94
  203.  
  204. user.c:
  205. Placed comments on using 'ptr_out = stdout;' if printout is desired to
  206. stdout instead of user_out.
  207.  
  208. ========================================================================
  209. 10 Apr 94
  210.  
  211. asa.c, asa.h, readme.ms, user.h:
  212. ASA can print to stdout if ASA_OUT or USER_OPTIONS->asa_out_file is set
  213. to "STDOUT".  #include <string.h> was added to asa.h and user.h.
  214.  
  215. Makefile, asa.c, asa.h, asa_user.h, readme.ms, user.c, user.h:
  216. Created asa_user.h to contain all common definitions and macros
  217. previously repeated in asa.h and user.h.
  218.  
  219. asa.c, asa.h, asa_user.h, readme.ms, user.c, user.h:
  220. The time module was redefined in the user and asa modules so that only
  221. one copy of this code now resides in asa.c
  222.  
  223. asa.c:
  224. At the risk of offending C purists, a goto EXIT_ASA was inserted at
  225. several locations, eliminating over 300 lines of code, making this file
  226. more readable (usually the rationale for _not_ using goto).
  227.  
  228. ========================================================================
  229. 8 Apr 94
  230.  
  231. readme.ms:
  232. Put in caution that passing asa.[13nl] which is the equivalent of
  233. README[+] through man may strip out some items like \\"asa_out\\".
  234.  
  235. asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h:
  236. Added LIMIT_GENERATED OPTION, but now permit either LIMIT_ACCEPTANCES
  237. or LIMIT_GENERATED to take 0 to run without these constraints, e.g.,
  238. which can be useful for machines that do not process large integers.
  239.  
  240. readme.ms:
  241. Defined Table of Contents at end.
  242.  
  243. ========================================================================
  244. 7 Apr 94
  245.  
  246. readme.ms:
  247. Added an index of all headers.
  248.  
  249. ========================================================================
  250. 6 Apr 94
  251.  
  252. The inclusion of user-defined functional changes in addition to ASA
  253. parameter modifications justifies a change in the major version
  254. number.
  255.  
  256. asa.c:
  257. Made off-diagonal curvature calculation a bit more efficient.
  258.  
  259. NOTES, readme.ms:
  260. Added some information on the use of USER_COST_SCHEDULE.
  261.  
  262. ========================================================================
  263. 5 Apr 94
  264.  
  265. asa.c:
  266. Curvatures are now calculated correctly at boundaries of specified
  267. ranges.
  268.  
  269. asa.c:
  270. Some initialization equations were copied into the main annealing loop
  271. to permit greater adaptive use of TEMPERATURE_RATIO_SCALE,
  272. TEMPERATURE_ANNEAL_SCALE, COST_PARAMETER_SCALE, QUENCH_PARAMETERS and
  273. QUENCH_COST OPTIONS.
  274.  
  275. readme.ms:
  276. Added comment on using QUENCH_COST OPTION to slow down cost temperature
  277. schedule.
  278.  
  279. asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h:
  280. The function used for the cost_function temperature  schedule is of the
  281. form test_temperature in asa.c.  You can define your own function of
  282. test_temperature adaptively in user.c in cost_schedule() (and in
  283. recur_cost_schedule() if SELF_OPTIMIZE is TRUE) by setting the
  284. Pre-Compile DEFINE_OPTIONS USER_COST_SCHEDULE to TRUE.
  285.  
  286. ========================================================================
  287. 31 Mar 94
  288.  
  289. readme.ms:
  290. Added info on bitftp service and the current IP number of the Caltech
  291. archive.
  292.  
  293. ========================================================================
  294. 29 Mar 94
  295.  
  296. readme.ms:
  297. README+ is only compressed and uuencoded in the ASA-shar[.Z] versions.
  298.  
  299. ========================================================================
  300. 17 Mar 94
  301.  
  302. readme.ms:
  303. Added some comments to the use of QUENCH_COST.
  304.  
  305. ========================================================================
  306. 12 Mar 94
  307.  
  308. Makefile:
  309. Added README+ to doc: compilation to give enhanced text.  This is
  310. compressed and uuencoded to pass through shar.
  311.  
  312. ========================================================================
  313. 11 Mar 94
  314.  
  315. Makefile:
  316. Formatted README to include indents.
  317.  
  318. ========================================================================
  319. 9 Mar 94
  320.  
  321. NOTES:
  322. Added some comments to the @@FORTRAN section.
  323.  
  324. ========================================================================
  325. 8 Mar 94
  326.  
  327. asa.c:
  328. Added a missing *curvature_flag test to calculation of curvature[].
  329.  
  330. NOTES:
  331. Added some instructions for calling FORTRAN cost functions from ASA.
  332.  
  333. ========================================================================
  334. 4 Mar 94
  335.  
  336. readme.ms:
  337. Added ASA.tar.Z version.
  338.  
  339. ========================================================================
  340. 3 Mar 94
  341.  
  342. readme.ms:
  343. Deleted IP number for ftp.alumni.caltech.edu as this is subject to
  344. change.
  345.  
  346. ========================================================================
  347. 17 Feb 94
  348.  
  349. asa.c, asa.h:
  350. Reset SEQUENTIAL_PARAMETERS to its starting value on exiting asa().
  351. This could be important when doing multiple runs.
  352.  
  353. ========================================================================
  354. 16 Feb 94
  355.  
  356. user.c:
  357. Clarified notation used in ASA test problem.
  358.  
  359. ========================================================================
  360. 15 Feb 94
  361.  
  362. asa.c, asa.h, asa_opt, readme.ms, user.c, user.h:
  363. Added adaptive SEQUENTIAL_PARAMETERS to OPTIONS.
  364.  
  365. NOTES, readme.ms, user.c:
  366. Several small changes to reflect new ASA_LIB OPTION.
  367.  
  368. ========================================================================
  369. 13 Feb 94
  370.  
  371. asa.c, asa.h, user.c, user.h:
  372. Added Pre-Compile OPTION ASA_LIB to facilitate calls of asa() from
  373. another program when this is set to TRUE.
  374.  
  375. user.h:
  376. Removed extra main prototype when SELF_OPTIMIZE is TRUE and HAVE_ANSI
  377. is FALSE.
  378.  
  379. ========================================================================
  380. 9 Feb 94
  381.  
  382. NOTES, readme.ms:
  383. Noted minor change of archive address to ftp.alumni.caltech.edu
  384. [131.215.48.62].
  385.  
  386. ========================================================================
  387. 3 Feb 94
  388.  
  389. asa.c, asa.g, user.c, user.h:
  390. Reformatted files using GNU indent-1.9.1.
  391.  
  392. ========================================================================
  393. 1 Feb 94
  394.  
  395. readme.ms:
  396. Added directions for compiling the ASA test problem without the use of
  397. the Makefile.
  398.  
  399. ========================================================================
  400. 30 Jan 94
  401.  
  402. readme.ms:
  403. The subdirectory TESTS has been eliminated, and replaced by the two
  404. files test_asa and test_usr.
  405.  
  406. user.c:
  407. I wrote the ASA test problem from scratch to closely follow its
  408. published description.  It now runs a bit faster under gcc.
  409.  
  410. ========================================================================
  411. 27 Jan 94
  412.  
  413. Makefile, asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h, TESTS/asa...:
  414. Added Pre-Compile DEFINE_OPTIONS USER_REANNEAL_FUNCTION.  When this is
  415. TRUE, the user can define the reannealing function, adaptively if
  416. required, in user.c in function user_reanneal() (and in
  417. recur_user_reanneal() if SELF_OPTIMIZE is TRUE).
  418.  
  419. ========================================================================
  420. 18 Jan 94
  421.  
  422. NOTES:
  423. The section @@PAPERS USING ASA was broken out into a separate file,
  424. asa_papers, in ftp.caltech.edu:pub/ingber.  This is to minimize
  425. updating versions of the ASA directory due to changes in this section.
  426.  
  427. ========================================================================
  428. 17 Jan 94
  429.  
  430. NOTES:
  431. Updated locations of papers in section @@PAPERS USING ASA.
  432.  
  433. ========================================================================
  434. 14 Jan 94
  435.  
  436. asa.c:
  437. Deleted quench flags as they are now unnecessary.
  438.  
  439. ========================================================================
  440. 13 Jan 94
  441.  
  442. asa.c, asa.h:
  443. Fixed bug in use of OPTIONS->user_temperature_ratio.
  444.  
  445. readme.ms:
  446. Corrected function parameter lists to agree with changes in user.c and
  447. user.h.
  448.  
  449. ========================================================================
  450. 12 Jan 94
  451.  
  452. user.c, user.h:
  453. Cleaned up a few small memory leaks.  Removed several flags that could
  454. be replaced by reference to USER_OPTIONS and RECUR_USER_OPTIONS.
  455.  
  456. ========================================================================
  457. 11 Jan 94
  458.  
  459. NOTES, readme.ms:
  460. Changed names of directories to those in newly overhauled archive.
  461.  
  462. ========================================================================
  463. 10 Jan 94
  464.  
  465. NOTES:
  466. Updated references in section @@PAPERS USING ASA.
  467.  
  468. ========================================================================
  469. 8 Jan 94
  470.  
  471. readme.ms:
  472. Added info that ASA.zip is now maintained in the ASA archive.
  473.  
  474. ========================================================================
  475. 1 Jan 94
  476.  
  477. NOTES:
  478. Under @@PAPERS USING ASA, added reference to paper by Tang, Tracy,
  479. Boozer, deBrauw, and Brown.
  480.  
  481. ========================================================================
  482. 13 Dec 93
  483.  
  484. user.c:
  485. Corrected dimension of asa_file[].
  486.  
  487. ========================================================================
  488. 26 Nov 93
  489.  
  490. ASA version 2.1:
  491. Experimentation with SELF_OPTIMIZE, QUENCHing and ASA_TEMPLATEs has
  492. progressed to a stage warranting a change in the major version number.
  493.  
  494. NOTES:
  495. Added ASA-related papers available in the Caltech archive.
  496.  
  497. ========================================================================
  498. 22 Nov 93
  499.  
  500. asa.c, user.c:
  501. Clarified use of OPTIONAL_DATA in ASA_TEMPLATE when used with
  502. SELF_OPTIMIZE.
  503.  
  504. readme.ms:
  505. Added outline of use of each ASA_TEMPLATE.
  506.  
  507. Makefile:
  508. Added comments on the use of the provided sets of DEFINE_OPTIONS.
  509.  
  510. ========================================================================
  511. 17 Nov 93
  512.  
  513. user.c:
  514. Cleaned up USER_ASA_OUT ASA_TEMPLATE string calls to work under Sun acc
  515. without errors and under gcc without warnings.
  516.  
  517. ========================================================================
  518. 16 Nov 93
  519.  
  520. NOTES:
  521. Updated references to papers.
  522.  
  523. CHANGES:
  524. Updated references.
  525.  
  526. ========================================================================
  527. 15 Nov 93
  528.  
  529. asa.c, user.c:
  530. More fixes to handle memory leaks.
  531.  
  532. ========================================================================
  533. 14 Nov 93
  534.  
  535. asa.c, user.c:
  536. Added free() calls to get rid of pesky memory leaks which arose under
  537. SELF_OPTIMIZE.
  538.  
  539. Makefile:
  540. Corrected DEFINE_OPTIONS to properly use USER_ASA_OUT and ASA_TEMPLATE
  541. for multiple calls to asa.
  542.  
  543. ========================================================================
  544. 12 Nov 93
  545.  
  546. asa.c:
  547. Added modification to keep parameters within bounds when calculating
  548. *tangents in cost_derivatives().
  549.  
  550. ========================================================================
  551. 6 Nov 93
  552.  
  553. Makefile, readme.ms:
  554. Changed packaged code to be in both ASA-shar.Z and ASA.tar.gz formats.
  555.  
  556. asa.c:
  557. Added tests for integer parameters in generate_new_state(), in case
  558. some system rounds differently.
  559.  
  560. ========================================================================
  561. 4 Nov 93
  562.  
  563. Makefile, asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h, TESTS/asa...:
  564. Added TIME_STD Pre-Compile Option to use Unix-standard macros for time
  565. routines, as required by some systems, e.g., hpux.
  566.  
  567. ========================================================================
  568. 3 Nov 93
  569.  
  570. NOTES:
  571. Included papers by wu@mcrcim.mcgill.edu and gblais@mcrcim.mcgill.edu
  572. under @@PAPERS USING ASA.
  573.  
  574. ========================================================================
  575. 23 Oct 93
  576.  
  577. asa.c:
  578. INT_ALLOC and INT_LONG defines had to be corrected around a few
  579. fprintf statements.
  580.  
  581. readme.ms, TESTS: 
  582. On the Sun, gcc-2.5.0 update runs were performed.  Since the change in
  583. definitions of MIN_DOUBLE and MAX_DOUBLE, setting SMALL_FLOAT=E-12 does
  584. not agree with SMALL_FLOAT=E-18 and SMALL_FLOAT=E-20 (the latter two
  585. agree), unless MIN_DOUBLE=E-18 also is set.
  586.  
  587. ========================================================================
  588. 15 Oct 93
  589.  
  590. asa.c:
  591. Added print statements for some additional OPTIONS.
  592.  
  593. readme.ms:
  594. Due to the increased volume of interaction, I had to insert statements
  595. that I cannot assume the task of mailing out hardcopies of code or
  596. papers, and that my volunteer time assisting people with their queries
  597. on my codes and papers must be limited to electronic mail
  598. correspondence.
  599.  
  600. ========================================================================
  601. 14 Oct 93
  602.  
  603. Makefile, asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h:
  604. Added ASA_TEST[FALSE] to be set to TRUE to use ASA test problem.  This
  605. permits users to add their own problem without having to overwrite the
  606. ASA test example.
  607.  
  608. Added ASA_TEMPLATE[FALSE] wrappers around tests associated with several
  609. OPTIONS.  This permits use of these OPTIONS without having to delete
  610. these extra tests.
  611.  
  612. ========================================================================
  613. 18 Sep 93
  614.  
  615. user.c:
  616. Added reference for RNG used in the user module.
  617.  
  618. ========================================================================
  619. 24 Sep 93
  620.  
  621. NOTES:
  622. Added reference to Wall Street Journal article mentioning ASA.
  623.  
  624. ========================================================================
  625. 13 Sep 93
  626.  
  627. NOTES, TESTS/HP_gcc:
  628. Added update on modifications available for HP machines.  Added HP_gcc
  629. file in TESTS.
  630.  
  631. TESTS/SHRT2LNG:
  632. Apparently this file was blanked out the past few versions, and has now
  633. been restored.
  634.  
  635. ========================================================================
  636. 2 Sep 93
  637.  
  638. NOTES:
  639. Placed ftp locations in @@PAPERS USING ASA.
  640.  
  641. ========================================================================
  642. 31 Aug 93
  643.  
  644. NOTES:
  645. Added info on setting INT_ALLOC and INT_LONG to TRUE on a PC using MS
  646. Quick C.
  647.  
  648. ========================================================================
  649. 27 Aug 93
  650.  
  651. NOTES:
  652. Added info on setting IO_PROTOTYPES to FALSE on a PC using Turbo C++.
  653.  
  654. ========================================================================
  655. 18 Aug 93
  656.  
  657. NOTES, asa.c, asa.h, user.c, user.h:
  658. Some minor changes to accommodate Turbo C.
  659.  
  660. ========================================================================
  661. 16 Aug 93
  662.  
  663. readme.ms:
  664. Used the standard /usr/ucb/fmt to format all paragraphs.
  665.  
  666. ========================================================================
  667. 24 Jul 93
  668.  
  669. Minor editing corrections.
  670.  
  671. ========================================================================
  672. 10 Jul 93
  673.  
  674. readme.ms:
  675. Added more detail on sources of documentation and how to use a copy
  676. of the README file as an asa manpage.
  677.  
  678. ========================================================================
  679. 5 Jul 93
  680.  
  681. Makefile, asa.c, asa.h, TESTS/asa...:
  682. Added ASA_PRINT_MORE Printing Option.
  683.  
  684. ========================================================================
  685. 29 Jun 93
  686.  
  687. asa.c, asa.h, user.c, user.h:
  688. Moved prototypes for getrusage() from .c to .h files, together with
  689. other prototypes.
  690.  
  691. user.c:
  692. Found a Bus error during run for some versions of gcc (2.2.2 on a
  693. sparc/4.1.3) when using `#define ARRAY_LIMIT *parameter_dimension'
  694. when 'if __GNUC__' is TRUE, so this was set to `#define ARRAY_LIMIT
  695. *parameter_dimension 4'.
  696.  
  697. Makefile, asa.h, user.h, readme.ms, TESTS/*_*:
  698. Set default of TIME_CALC to FALSE since it gives trouble on many
  699. machines.
  700.  
  701. NOTES:
  702. Added contributed code to permit time routines to work on HPs.
  703.  
  704. ========================================================================
  705. 16 Jun 93
  706.  
  707. Makefile, asa.h, readme.ms, TESTS/asa...:
  708. Changed definition of MIN_DOUBLE to smallest positive double.
  709.  
  710. ========================================================================
  711. 12 Jun 93
  712.  
  713. NOTES:
  714. Added short note on how to adapt user module to permit ASA to be
  715. called from another code.
  716.  
  717. ========================================================================
  718. 10 Jun 93
  719.  
  720. CHANGES:
  721. Moved list of dates of modifications to bottom of file.  Included
  722. dates of original RATFOR/FORTRAN code from 1987 and original C code
  723. from 1991.
  724.  
  725. ========================================================================
  726. 9 Jun 93
  727.  
  728. readme.ms:
  729. Moved description of REANNEAL_FUNCTION to Pre-Compile section.
  730. Elaborated on proper use of Pre-Compile Options.
  731.  
  732. ========================================================================
  733. 8 Jun 93
  734.  
  735. Makefile, asa.c, asa.h, asa_opt, readme.ms, user.c, user.h, TESTS/...:
  736. Changed name of MAX_FLOAT to MAX_DOUBLE.  Changed name of MIN_FLOAT
  737. to MIN_DOUBLE.  Added EPS_DOUBLE to default to SMALL_FLOAT.  This is
  738. considered a precursor to getting better contributions to defining
  739. these values at a later date.  Made default of COST_PRECISION to
  740. 1.0E-18, independent of these other values.  TESTS are not effected.
  741.  
  742. ========================================================================
  743. 6 Jun 93
  744.  
  745. user.c:
  746. Shortened the names of some variable asa_out* files to not exceed
  747. 8 characters.
  748.  
  749. asa.c, asa.h, readme.ms:
  750. Added REANNEAL_FUNCTION in asa.h to give users more control over the
  751. function determining reannealing.
  752.  
  753. ========================================================================
  754. 5 Jun 93
  755.  
  756. Makefile, asa.c, readme.ms, TESTS/asa...:
  757. Use SMALL_FLOAT for NO_PARAM_TEMP_TEST and NO_COST_TEMP_TEST (new names
  758. for NO_P_TEMP_TEST and NO_C_TEMP_TEST) if they are TRUE.  Sharpened
  759. tests of temperatures for NO_PARAM_TEMP_TEST and NO_COST_TEMP_TEST
  760. set to FALSE.  Now all test cases agree in intermediate values.
  761. TESTS/SUN_E-12 was deleted.
  762.  
  763. ========================================================================
  764. 4 Jun 93
  765.  
  766. asa.c, asa.h, readme.ms, TESTS/asa...:
  767. Added NO_P_TEMP_TEST and NO_C_TEMP_TEST Pre-Compile options for
  768. testing purposes.
  769.  
  770. ========================================================================
  771. 2 Jun 93
  772.  
  773. asa.c:
  774. Fixed bug in reanneal() by placing some fabs() for some arguments
  775. of pow().
  776.  
  777. Fixed bug in fclose() by placing statement at end of asa_exit().
  778. This affected calculations with SELF_OPTIMIZE= TRUE.
  779.  
  780. user.c:
  781. Edited SELF_OPTIMIZE=TRUE and USER_ASA_OUT=TRUE sections.
  782.  
  783. ========================================================================
  784. 31 May 93
  785.  
  786. asa.c:
  787. Adjusted initialization of *number_acceptances_saved = 0.
  788.  
  789. TESTS/:
  790. All tests were updated.
  791.  
  792. user.c:
  793. Added USER_ASA_OUT to SELF_OPTIMIZE=TRUE portion, and cleaned up
  794. USER_ASA_OUT calls in SELF_OPTIMIZE=FALSE portions.
  795.  
  796. ========================================================================
  797. 25 May 93
  798.  
  799. NOTES:
  800. Added CONTENTS with @@SECTION_NAMES to search on topics.
  801.  
  802. ========================================================================
  803. ========================================================================
  804. 29 May 93
  805.  
  806. Makefile, asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h, TESTS/asa...:
  807. Added Pre-Compile Option USER_ASA_OUT to work with Program Option
  808. *asa_out_file, to permit dynamic naming of asa() output files from
  809. the user module.
  810.  
  811. ========================================================================
  812. 24 May 93
  813.  
  814. NOTES, readme.ms:
  815. Reorganized some references, and started list of ASA (p)reprints at
  816. the bottom of this file, instead of increasing length of readme.ms.
  817.  
  818. asa.c:
  819. Minor cleaning up of some statements, taking out extra parentheses.
  820.  
  821. ========================================================================
  822. 22 May 93
  823.  
  824. longname.h:
  825. Removed and made obsolete by changes in a few parameter names in the
  826. asa module.
  827.  
  828. asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h, TESTS/asa...:
  829. Changed all (*[a-zA-Z_]). constructs to [a-zA-Z_]-> to improve
  830. readability.  The original form was to minimize notation for many
  831. users, but the use of many *OPTIONS calls made this change more
  832. reasonable.
  833.  
  834. ========================================================================
  835. 17 May 93
  836.  
  837. asa.c:
  838. Corrected typo bugs in reanneal() introduced when inserted
  839. quench_param[] factors.
  840.  
  841. ========================================================================
  842. 16 May 93
  843.  
  844. asa.c, asa.h, asa_opt, readme.ms, user.c, user.h, TESTS/asa...:
  845. Introduced two Program Options, QUENCH_PARAMETERS and QUENCH_COST,
  846. to permit some "quenching" especially in very large parameter spaces.
  847.  
  848. ========================================================================
  849. 15 May 93
  850.  
  851. asa.h, user.c, user.h:
  852. Added a __GNUC__ define.  This is useful to set ARRAY_LIMIT to
  853. *parameter_dimension in user.c when using gcc.
  854.  
  855. asa.c, asa.h:
  856. Removed some superfluous parameters from parameter lists.
  857.  
  858. ========================================================================
  859. 15 May 93
  860.  
  861. asa.c:
  862. Enforced fflush() for updated new best states for printout for large
  863. parameter spaces.
  864.  
  865. readme:
  866. ASA now can be obtained from ftp.caltech.edu where it can be maintained
  867. in a timely manner.
  868.  
  869. ========================================================================
  870. 14 May 93
  871.  
  872. asa.c:
  873. Reorganized use of ASA_PRINT_INTERMED to be more useful for large
  874. dimensions.
  875.  
  876. readme:
  877. Added some comments to Program Options for large dimensions.
  878.  
  879. ========================================================================
  880. 13 May 93
  881.  
  882. readme:
  883. Updated instructions for retrieval of files.  The previous instructions
  884. were too terse for some users.
  885.  
  886. ========================================================================
  887. 11 May 93
  888.  
  889. asa.c, asa.h:
  890. Deleted unused references to ASA_OPTIONS and ADAPTIVE define.
  891.  
  892. readme.ms:
  893. Edited in several places and updated section on availability.
  894.  
  895. ========================================================================
  896. 9 May 93
  897.  
  898. Makefile, asa.c, asa.h, readme.ms, user.c, user.h:
  899. Added *asa_data to *OPTIONS when the Pre-Compile option OPTIONAL_DATA
  900. is set to TRUE.  This permits additional information to be returned
  901. to the user module from the asa module.  An example of usage is given
  902. for the test problem when SELF_OPTIMIZE is TRUE.
  903.  
  904. ========================================================================
  905. 8 May 93
  906.  
  907. Makefile, asa.h, readme.ms:
  908. ASA_PRINT_INTERMED[=TRUE] is added as a Pre-Compile option.  This is
  909. useful for large parameter spaces as well as when SELF_OPTIMIZE is
  910. set to TRUE.
  911.  
  912. user.c:
  913. The test problem is modified to set the dimension and indexing of
  914. all arrays to correspond to *parameter_dimension.  This is useful to
  915. easily change the test problem, e.g., to test large parameter spaces.
  916.  
  917. user.c:
  918. Added some output at the end of a run when SELF_OPTIMIZE is TRUE,
  919. in case ASA_PRINT is FALSE.
  920.  
  921. asa.c:
  922. Closed off several fclose() statements used when SELF_OPTIMIZE is TRUE,
  923. but ASA_PRINT is FALSE
  924.  
  925. ========================================================================
  926. 7 May 93
  927.  
  928. asa.c:
  929. Corrected allocation of memory to temperature_scale_parameters when
  930. OPTIONS->RATIO_TEMPERATURE_SCALES is set to TRUE.
  931.  
  932. ========================================================================
  933. 5 May 93
  934.  
  935. readme.ms:
  936. Latest updates of code and papers may be retrieved via anonymous ftp
  937. from ftp.caltech.edu in the pub/ingber directory.
  938.  
  939. ========================================================================
  940. 27 Apr 93
  941.  
  942. Makefile, asa.c, asa.h, readme.ms, user.h:
  943. The cast on *number_parameters is set by ALLOC_INT which defaults to
  944. the cast of LONG_INT.  On some machines, ALLOC_INT might have to be
  945. set to TRUE to set this cast to int if there is a strict requirement
  946. to use an unsigned int for calloc.
  947.  
  948. ========================================================================
  949.  
  950. Acknowledgments to people who have contributed to the ASA code:
  951.  
  952. Ahmed Ouenes        <ouenes@baervan.nmt.edu>
  953. Alan Cabrera        <adc@sanwabgk.com>
  954. Barak Cohen        <bardak@ccsg.tau.ac.il>
  955. Bill Wong        <bgwong@holonet.net>
  956. Bruce Rosen        <rosen@ringer.cs.utsa.edu>
  957. Cullen Schaffer        <schaffer@marna.hunter.cuny.edu>
  958. Dan Adler        <adan@tudor.com>
  959. David Zuhn        <zoo@cygnus.com>
  960. Davyd Norris        <daffy@physics.monash.edu.au>
  961. Edward Peschko        <peschko@mermaid.micro.umn.edu>
  962. Eric Grosse        <ehg@research.att.com>
  963. Giacomo Indiveri    <giacomo@dibe.unige.it>
  964. Graham Campbell        <campbell@ams.sunysb.edu>
  965. Heather Sherman        <heather@cco.caltech.edu>
  966. Helmut Jarausch        <jarausch@igpm.igpm.rwth-aachen.de>
  967. Jacob Engelbrecht    <engel@virus.fki.dth.dk>
  968. James Clark        <jjc@ai.mit.edu>
  969. John Selverian        <selveria@salem.sylvania.com>
  970. Kevin Burton        <kburton@noran.com>
  971. Lee Hon Man        <89299465@cphkvx.cphk.hk>
  972. Leslie Picardo        <picardo@alpha.ces.cwru.edu>
  973. Mark Johnson        <mjohnson@netcom.com>
  974. Matthew O'Hara        <mattman@cml.berkeley.edu>
  975. Micah Altman        <micah@cco.caltech.edu>
  976. Sonja Zwissler        <zwissler@askdonald.ask.uni-karlsruhe.de>
  977. Steven Gillispie    <steve_gillispie@oscar.rad.washington.edu>
  978. Timothy Burns        <tim@isis.usi.utah.edu>
  979. Walter Roberson        <roberson@hamer.ibd.nrc.ca>
  980. Wolfram Gloger        <u7y22ab@sunmail.lrz-muenchen.de>
  981. Wu Kenong        <wu@mcrcim.mcgill.edu>
  982. Yuan Liu        <liu@cs.umd.edu>
  983. Zening Ge        <zg11@midway.uchicago.edu>
  984.  
  985. ========================================================================
  986. ========================================================================
  987. * Modification History:
  988. *    23 Oct 94:    Version    4.2
  989. *    23 Oct 94:    Version    4.1
  990. *    23 Oct 94:    Version    3.25
  991. *    22 Oct 94:    Version    3.24
  992. *    20 Oct 94:    Version    3.23
  993. *    19 Oct 94:    Version    3.22
  994. *    14 Oct 94:    Version    3.21
  995. *    01 Oct 94:    Version    3.20
  996. *    31 Aug 94:    Version    3.19
  997. *    19 Aug 94:    Version    3.18
  998. *    28 Jun 94:    Version    3.17
  999. *    09 Jun 94:    Version    3.16
  1000. *    06 Jun 94:    Version    3.15
  1001. *    04 Jun 94:    Version    3.14
  1002. *    31 May 94:    Version    3.13
  1003. *    27 Apr 94:    Version    3.12
  1004. *    27 Apr 94:    Version    3.11
  1005. *    19 Apr 94:    Version    3.10
  1006. *    18 Apr 94:    Version    3.9
  1007. *    17 Apr 94:    Version    3.8
  1008. *    16 Apr 94:    Version    3.7
  1009. *    15 Apr 94:    Version    3.6
  1010. *    10 Apr 94:    Version    3.5
  1011. *    10 Apr 94:    Version    3.4
  1012. *    08 Apr 94:    Version    3.3
  1013. *    07 Apr 94:    Version    3.2
  1014. *    06 Apr 94:    Version    3.1
  1015. *    05 Apr 94:    Version    2.32
  1016. *    05 Apr 94:    Version    2.31
  1017. *    31 Mar 94:    Version    2.30
  1018. *    29 Mar 94:    Version    2.29
  1019. *    17 Mar 94:    Version    2.28
  1020. *    16 Mar 94:    Version    2.27
  1021. *    11 Mar 94:    Version    2.26
  1022. *    10 Mar 94:    Version    2.25
  1023. *    09 Mar 94:    Version    2.24
  1024. *    08 Mar 94:    Version    2.23
  1025. *    04 Mar 94:    Version    2.22
  1026. *    03 Mar 94:    Version    2.21
  1027. *    17 Feb 94:    Version    2.20
  1028. *    16 Feb 94:    Version    2.19
  1029. *    16 Feb 94:    Version    2.18
  1030. *    15 Feb 94:    Version    2.17
  1031. *    13 Feb 94:    Version    2.16
  1032. *    10 Feb 94:    Version    2.15
  1033. *    03 Feb 94:    Version    2.14
  1034. *    01 Feb 94:    Version    2.13
  1035. *    31 Jan 94:    Version    2.12
  1036. *    28 Jan 94:    Version    2.11
  1037. *    21 Jan 94:    Version    2.10
  1038. *    17 Jan 94:    Version    2.9
  1039. *    16 Jan 94:    Version    2.8
  1040. *    13 Jan 94:    Version    2.7
  1041. *    12 Jan 94:    Version    2.6
  1042. *    12 Jan 94:    Version    2.5
  1043. *    09 Jan 94:    Version    2.4
  1044. *    21 Dec 93:    Version    2.3
  1045. *    04 Dec 93:    Version    2.2
  1046. *    26 Nov 93:    Version    2.1
  1047. *    22 Nov 93:    Version    1.59
  1048. *    17 Nov 93:    Version    1.58
  1049. *    16 Nov 93:    Version    1.57
  1050. *    15 Nov 93:    Version    1.56
  1051. *    14 Nov 93:    Version    1.55
  1052. *    14 Nov 93:    Version    1.54
  1053. *    12 Nov 93:    Version    1.53
  1054. *    11 Nov 93:    Version    1.52
  1055. *    06 Nov 93:    Version    1.51
  1056. *    26 Oct 93:    Version    1.50
  1057. *    23 Oct 93:    Version    1.49
  1058. *    15 Oct 93:    Version    1.48
  1059. *    15 Oct 93:    Version    1.47
  1060. *    14 Oct 93:    Version    1.46
  1061. *    29 Sep 93:    Version    1.45
  1062. *    24 Sep 93:    Version    1.44
  1063. *    17 Sep 93:    Version    1.43
  1064. *    14 Sep 93:    Version    1.42
  1065. *    01 Sep 93:    Version    1.41
  1066. *    18 Aug 93:    Version    1.40
  1067. *    16 Aug 93:    Version    1.39
  1068. *    28 Jul 93:    Version    1.38
  1069. *    24 Jul 93:    Version    1.37
  1070. *    10 Jul 93:    Version    1.36
  1071. *    05 Jul 93:    Version    1.35
  1072. *    04 Jul 93:    Version    1.34
  1073. *    30 Jun 93:    Version    1.33
  1074. *    29 Jun 93:    Version    1.32
  1075. *    16 Jun 93:    Version    1.31
  1076. *    12 Jun 93:    Version    1.30
  1077. *    10 Jun 93:    Version    1.29
  1078. *    09 Jun 93:    Version    1.28
  1079. *    08 Jun 93:    Version    1.27
  1080. *    06 Jun 93:    Version    1.26
  1081. *    06 Jun 93:    Version    1.25
  1082. *    05 Jun 93:    Version    1.24
  1083. *    04 Jun 93:    Version    1.23
  1084. *    02 Jun 93:    Version    1.22
  1085. *    02 Jun 93:    Version    1.21
  1086. *    31 May 93:    Version    1.20
  1087. *    31 May 93:    Version    1.19
  1088. *    29 May 93:    Version    1.18
  1089. *    25 May 93:    Version    1.17
  1090. *    25 May 93:    Version    1.16
  1091. *    24 May 93:    Version    1.15
  1092. *    22 May 93:    Version    1.14
  1093. *    17 May 93:    Version    1.13
  1094. *    16 May 93:    Version    1.12
  1095. *    16 May 93:    Version    1.11
  1096. *    15 May 93:    Version    1.10
  1097. *    14 May 93:    Version    1.9
  1098. *    14 May 93:    Version    1.8
  1099. *    13 May 93:    Version    1.7
  1100. *    11 May 93:    Version    1.6
  1101. *    09 May 93:    Version    1.5
  1102. *    08 May 93:    Version    1.4
  1103. *    07 May 93:    Version    1.3
  1104. *    05 May 93:    Version    1.2
  1105. *    20 Apr 93:    Version    1.1 first ASA release
  1106. *    05 Apr 93:    Version    9.4    VFSR
  1107. *    04 Apr 93:    Version    9.3    VFSR
  1108. *    22 Mar 93:    Version    9.1    VFSR
  1109. *    05 Mar 93:    Version    8.2    VFSR
  1110. *    27 Feb 93:    Version    8.1    VFSR
  1111. *    18 Feb 93:    Version    7.7    VFSR
  1112. *    15 Feb 93:    Version    7.6    VFSR
  1113. *    07 Feb 93:    Version    7.4    VFSR
  1114. *    04 Feb 93:    Version    7.3    VFSR
  1115. *    01 Feb 93:    Version    7.1    VFSR
  1116. *    28 Jan 93:    Version    6.46    VFSR
  1117. *    18 Jan 93:    Version    6.40    VFSR
  1118. *    01 Jan 93:    Version 1.0 development stage of ASA
  1119. *    30 Dec 92:    Version    6.38    VFSR
  1120. *    17 Dec 92:    Version    6.35    VFSR
  1121. *    13 Dec 92:    Version    6.34    VFSR
  1122. *    09 Dec 92:    Version    6.33    VFSR
  1123. *    07 Dec 92:    Version    6.30    VFSR
  1124. *    03 Dec 92:    Version    6.25    VFSR
  1125. *    30 Nov 92:    Version    6.20    VFSR
  1126. *    19 Nov 92:    Beta Version    VFSR
  1127. *    05 Nov 92:    Initial C-language GNU version of VFSR
  1128. *    Jan 1991:    Created C-language version of VFSR
  1129. *    1987:        Created RATFOR/FORTRAN version of VFSR
  1130. ========================================================================
  1131.